Tag: imagej

3. Threshold on channels

Reference Python + ImageJ, Fiji Cookbook: Channel MergeClass ImageProcessorClass ColorProcessor color image의 RGB channel마다 다른 threshold를 적용해 이미지 색조를 수정하겠습니다. 전체 코드는 여기에서 받을 수 있습니다. 1. Color Thresh

8. Region of Interest

8. Region of Interest: 관심영역 포토샵 등에서 이미지를 처리할 때, 대부분 특정 부분을 선택하여 처리합니다. 눈을 키운다던가, 볼 터치를 화사하게 한다던가, 보기 싫은 뾰루지를 지우던가 하죠. 이렇게 이미지 프로세싱을 적용할 특정 영역을 관심영역(ROI: Region of Interest)라고 합니다. ImageJ에서는 ROI를

7. Batch Processing

7. Batch Processing: 이미지 일괄 처리Reference A Fiji Scripting Tutorial #3. Inspecting properties and pixels of an image 대량의 이미지를 한번에 처리해야 하는 경우, 이미지를 하나 하나 불러오는 것보다 일괄처리가 효과적입니다. 이미지가 모여 있는 폴더를 지정할 수도

6. Image Data 분석

6.1. ImagePlus: ImageJ의 이미지 instanceReference TCP School 26) 클래스의 개념ImagePlus 지난 글에서 객체지향 프로그래밍(OOP: Object Oriented Programming)의 개념을 짧게 설명했습니다. instance란 것은 Class에 정의된 대로 만들어진 객체입니다. 자동차 설계도(Cla

2. Image Calibration

Reference Earth Analysis Techniques: Introduction to Image Analysis Contributor BraINstinct0 1. Calibration의 의미 이미지 파일의 구조에 대한 글에서, 이미지는 2차원 공간상에 위치한 pixel의 집합이라고 말씀드렸습니다. 대개 pixel 하나당 흑백(Graysca

1. CSV file I/O

Reference ImageJ + Python Cookbook 1. Loading CSV File csv 파일을 읽는 예제입니다. 예제 파일은 여기에서 다운받을 수 있습니다. 1.1. CSV 파일 읽어서 결과 보여주기 1234567import csvfilepath = r'C:\Tmp\loadexample.csv'f = open(

0. Readme

0.0. ImageJ Cookbook 코딩에서 Cookbook이란, 제목처럼 실제로 사용할 수 있는 코드나 간단한 기술의 모음입니다. 음식을 배울 때 재료의 특성과 칼질의 기초부터 배울 수도 있겠지만 주말의 허기를 달래는데 요리사 자격증까지 필요하진 않습니다. 인터넷 블로그와 유튜브에 널린 레시피처럼, ImageJ의 GUI 환경을 이용하거나 Ima

5. Python Script 작성

5.1. ImageJ Script 예시Reference A Fiji Scripting Tutorial #3. Inspecting properties and pixels of an imageA Fiji Scripting Tutorial #4. Finding the java documentation for any class Javadocs: ImageJ1,

4. Python Basic

4.1. Python 문법을 공부하는 이유 ImageJ에서 활용하는 jython은 Java Virtual Machine (JVM) 위에서 python을 구현한 것입니다. 주로 web 환경에 많이 사용되는 JVM과 python의 연동이 자유로워 Java Class와 .jar 파일을 아무런 변환이나 노력 없이 그대로 끌어다 사용할 수 있다는 장점이 있습니다

3. ImageJ Python 개발 환경

ImageJ Jython 개발 환경을 설정하겠습니다. ImageJ에서는 통합개발환경(IDE)을 제공하지 않아 유사한 환경을 만들어줘야 합니다. Reference A Fiji Scripting Tutorial #2. Your first Fiji script 3.1. Image 불러오기 앞서 드린 설명에 따라 Boat.gif 이미지를 띄웁니다.