PCA of X features with Y

2021-01-13

2025-12-30

3D, PCA, matplotlib, python, visualization

PCA는 데이터의 숨겨진 패턴을 드러내줍니다.
Feature Space의 데이터 분포 중 가장 넓게 분포한 것부터 찾아주기 때문에 X Feature들만으로는 보기 어려운 패턴을 찾을 수 있습니다.
X 인자들의 분포 패턴에 Y feature를 얹어서 그려봅시다.
Feature engineering을 위한 실마리를 찾고자 합니다.

1. 데이터

이번 예시는 현업 데이터를 그대로 가져왔습니다.
데이터 공개나 자세한 설명이 어려운 점 양해바랍니다.
X data: 22개의 인자, 250만 줄 이상.
Y data: 1개의 인자, 불균형 Regression 문제.
가장 큰 어려움 중 하나는 Y 데이터의 불균형이 극심하다는 점입니다.
Y > 0.1이 전체의 0.8%, Y > 0.5가 전체의 0.06%에 불과합니다.

2. 전처리

2.1. outlier 제거

wikipedia: interquartile range
np.quantile
np.percentile

사전 작업을 통해 데이터의 outlier가 극심함을 알고 있습니다.
신뢰성있는 작업을 위해 outlier를 제거합니다.
대개 Q1과 Q3에서 IQR의 1.5배를 넘어서는 데이터를 outlier로 간주합니다.
정규분포에서 2.7$$\sigma$$에 해당하는 지점으로, 전체 데이터의 0.7% 가량이 outlier로 처리됩니다.
유사하게 데이터의 전체 비율 중 양 끝단을 제거하는 방식을 사용하겠습니다.
단, 제거 비율을 입력하면서 Y 데이터의 불균형에 미치는 영향을 확인하고, X 인자 중 0부터 시작하는 것은 이상치가 아니므로 제거하지 않습니다.
이상치 제거 함수를 작성합니다.

def cut_quantile(x, lower, upper):
    """
    x      : (pd.Series)
    lower  : (float) lower bound to cut off
    upper  : (float) upper bound to cut off
    """
    
    x_quantile = x.quantile([lower, upper])
    lower_bound, upper_bound = x_quantile.values
    
    if x.min() >= 0:
        lower_bound = -np.finfo(float).eps   
    
    return x[(x > lower_bound) & (x < upper_bound)]

데이터의 극단으로부터 1% 이상과 0.1% 이상을 제거합니다.

# 1% 제거
X_cut2 = X.apply(lambda x: cut_quantile(x, 0.01, 0.99), axis=0)
X_cut2.dropna(inplace=True)

# 0.1% 제거
X_cut3 = X.apply(lambda x: cut_quantile(x, 0.001, 0.999), axis=0)
X_cut3.dropna(inplace=True)

확인 결과, 1% 제거시 전체의 16% 제거, 0.1%는 전체의 2.1%를 제거합니다.
의도와 달리 너무 많이 제거됩니다.
모든 인자가 극단에 있는 데이터가 드물다는 의미입니다.
X 이상치를 날린 후의 분포를 확인합니다. 시각화 코드는 생략합니다.
Y 인자는 무사한지 걱정이 됩니다.
X 이상치 제거로 Y 인자의 분포가 어떻게 변했는지 확인합니다.
히스토그램을 얻어서 구간별 데이터를 저장한 뒤 이상치 제거 전과의 차이를 봅니다.

def plot_hist_delta(y1, y2, filename=None, bins=20):
    fig, axs = plt.subplots(ncols=2, figsize=(10, 5))
    counts_y1, bins_y1 = np.histogram(y1, bins=bins)
    counts_y2, bins_y2 = np.histogram(y2, bins=bins)

    axs[0].bar(bins_y1[:-1]+0.5*(bins_y1[1]-bins_y1[0]), counts_y1, width=(bins_y1[1]-bins_y1[0]))
    axs[0].bar(bins_y2[:-1]+0.5*(bins_y2[1]-bins_y2[0]), counts_y2, width=(bins_y2[1]-bins_y2[0]))
    axs[0].set_yscale("log")
    axs[0].set_xlabel("Y")
    axs[0].set_ylabel("counts (log)")

    axs[1].bar(bins_y2[:-1]+0.5*(bins_y2[1]-bins_y2[0]), 
               1 - counts_y2/counts_y1, 
               width=(bins_y2[1]-bins_y2[0]),
               fc="C2")
    
    axs[1].set_ylim(0, 1.20)
    axs[1].set_yticks(axs[1].get_yticks())
    axs[1].set_yticklabels([f"{int(y*100)}%" for y in axs[1].get_yticks()])
    axs[1].grid(axis="y")
    
    axs[1].set_xlabel("Y")
    axs[1].set_ylabel("$\Delta$ counts (log)")

    fig.suptitle(filename)
    fig.tight_layout()
    if filename:
        fig.savefig(f"./images/{filename}_post.png")

1% 제거시: y 인자가 0 부근일 때를 제외하고 거의 다 날아갑니다.

1	plot_hist_delta(Y, Y_cut2, "hist_0.01_0.99")

0.1% 제거시: 조금 낫지만 귀한 y > 0.5에서 손실률이 더 큽니다.

1	plot_hist_delta(Y, Y_cut2, "hist_0.001_0.999")

2.2. scaling

PCA는 feature space의 분포를 기준으로 주성분을 결정합니다.
따라서 인자간 scaling이 매우 중요하며, 잘못되면 틀린 결론이 유도됩니다.
양 끝점을 0~1로 지정하는 MinMaxScaling을 수행합니다.
시험삼아 Std. Scaling을 섞어봤는데 무의미한 결과가 얻어지더군요.

from sklearn import preprocessing

min_max_scaler = preprocessing.MinMaxScaler()
X_scaled_mm = pd.DataFrame(min_max_scaler.fit_transform(X))

3. PCA

3.1. explained variance ratio

이번 작업의 목적이 차원 축소는 아닙니다.
그러나 PCA가 효율적으로 수행되었는지 확인하기 위해 분산설명력을 확인합니다.

def calc_evr(pca, filename=None):
    # 1. explained variance ratio
    pca_evr = pca.explained_variance_ratio_
    print(f"# top 10 PCA explained ratio: {pca_evr[:10]}")
    # 2. cumulative explained variance ratio    
    pca_cevr = np.array([0]+[pca_evr[:i].sum() for i in range(1, len(pca_evr))])

    # 3. plot cumulative explained variance ratio
    fig, ax = plt.subplots(figsize=(6, 4))
    ax.plot(np.arange(len(pca_cevr)), pca_cevr, drawstyle="steps-post", c="b", marker="o", ms=7, mfc="w", mew=2, zorder=2)
    ax.bar(np.arange(len(pca_cevr)+1), [0] + list(pca_evr), fc="gray", zorder=1)
    xticks = [1, 5, 10, 15, 20]
    xticklabels = [f"{int(x)}" for x in xticks]
    ax.set_xticks(xticks)
    ax.set_xticklabels(xticklabels)
    ax.set_xlabel("Principle Component No.")
    ax.set_ylabel("explained variance ratio")

    ax.axhline(0.98, ls=":", c="gray")
    ax.set_xlim(0.3,)
    ax.set_ylim(0,)
    ax.text(len(pca_cevr)-1, 0.85, "0.98", ha="right")

    if filename:
        fig.tight_layout()
        filename_cevr = f"./images/PCA_normal_cevr_{filename}.png"
        fig.savefig(filename_cevr)

    return pca_evr, pca_cevr


pca = PCA()
X_pca = pca.fit_transform(X_scaled_mm)
pca_evr, pca_cevr = calc_evr(pca, filename="mm")

22개의 인자 중 처음 여섯 개만으로 98%의 분산이 설명됩니다.
PCA가 상당히 효과적으로 진행되었음을 알 수 있습니다.

3.2. eigenvector

PC1 ~ PC6까지 어떤 feature들로 구성되었는지 확인합니다.

def calc_topn(pca, pca_cevr, filename="mm"):
    # 1. get order of PCA, of which cumulative explained variance ratio > 0.95
    PCn = np.where(pca_cevr > 0.98)[0][0]
    print(f"PCn = {PCn}")

    # 2. plot eigenvectors
    fig, ax = plt.subplots(figsize=(9, 3), constrained_layout=True)
    im = ax.imshow(pca.components_[:PCn], cmap="RdBu_r", vmin=-1, vmax=1)
    ax.set_xticks(list(range(X.shape[1])))
    ax.set_xticklabels([f"F{i}" for i, x in enumerate(X_cols)], rotation=90);
    yticks = [int(i) for i in range(PCn)]
    ax.set_yticks(yticks)
    ax.set_yticklabels(f"PC{y+1}" for y in yticks)
    fig.colorbar(im, ax=ax, fraction=0.04, aspect=20)

    if filename:
        filename_ev = f"./images/PCA_normal_ev_{filename}_post.png"
        fig.savefig(filename_ev)
        
    return PCn
    
PCn = calc_topn(pca, pca_cevr, filename="mm")

제법 흥미로운 결과가 나왔습니다.
PC1과 PC2~PC5, PC6 세 개의 그룹으로 나눌 수 있는데 각 그룹에 사용된 인자가 독립적입니다.
PC2~PC5도 언뜻 보기에 중구난방이지만 일종의 각도에 해당하는 인자이기 때문에 모두 물리적으로 의미가 있어보입니다.
PC1~PC6까지 6차원 공간의 데이터 분포를 그리면 뭔가 보일 것 같습니다.

3.3. data distribution in PC space

Pega Devlog: Plot on Image

PC 공간상의 데이터 분포를 보면 좋겠는데, 6차원은 2차원에 표현이 안됩니다.
6차원에서 두 개씩 뽑아서 2차원 그림 21개로 표현합니다.
데이터가 250만개가 넘습니다. 250만개 x 21개 > 5천만개를 넣으면 메모리가 걱정입니다.
작은 그림을 그려서 파일로 저장한 후 큰 그림에 붙여넣습니다.

def plot_PCn_hist(X_pca, Y, PCn, filename=None):
    Y_argsort = np.argsort(Y).values

    if filename:
        fig_all, axes_all = plt.subplots(ncols=PCn, nrows=PCn, figsize=(4*PCn, 4*PCn), sharex=True, sharey=True)

    for i in range(PCn):
        for j in range(1, PCn+1):
            if i < j:
                
                fig_s, ax_s = plt.subplots(figsize=(3, 3))
                sns.histplot(x=X_pca[:,i][Y_argsort], y=X_pca[:,j][Y_argsort], bins=32, ax=ax_s)
                ax_s.axhline(0, c="lightgray", zorder=0)
                ax_s.axvline(0, c="lightgray", zorder=0)
                ax_s.tick_params(axis="both", direction="in")
                ax_s.set_xlabel(f"PC{i+1}")
                ax_s.set_ylabel(f"PC{j+1}")
                fig_s.tight_layout()
                fig_s.savefig(f"./images/PCA_normal_{i+1}_{j+1}_hist.png");
                
                im = plt.imread(f"./images/PCA_normal_{i+1}_{j+1}_hist.png")
                axes_all[j-1, i].imshow(im);
            axes_all[j-1, i].axis(False)
        
    for i in range(0, PCn):
        fig_all.align_ylabels(axes[:, i])

    if filename:
        fig_all.tight_layout()            
        fig_all.savefig(f"./images/PCA_normal_all_{filename}_hist.png") 
        
plot_PCn_hist(X_pca, Y, PCn, filename="mm")

2D histogram

특정 지점의 데이터 밀도가 높습니다.
곳곳에 점이나 선 같은 패턴이 보입니다.

3.4. Y 인자 overlap

데이터가 어떻게 분포하는지 알았으니 Y 인자와는 어떻게 관련됐는지 보겠습니다.
scatter plot을 그리고 color에 Y 인자를 지정, colormap에 inferno를 지정합니다.
대부분의 데이터가 Y ~ 0이라서 그냥 그리면 큰 Y 값들이 묻혀 보이지 않습니다.
scatter plot을 그리기 전 데이터를 Y값 기준으로 정렬하면 보입니다.

def plot_PCn(X_pca, Y, PCn, filename=None):
    Y_argsort = np.argsort(Y).values

    if filename:
        fig_all, axes_all = plt.subplots(ncols=PCn, nrows=PCn, figsize=(4*PCn, 4*PCn), sharex=True, sharey=True, gridspec_kw={"hspace":0, "wspace":0})
    
    for i in range(PCn):
        for j in range(1, PCn+1):
            if i < j:
                fig_s, ax_s = plt.subplots(figsize=(3, 3))
                ax_s.scatter(X_pca[:,i][Y_argsort], X_pca[:,j][Y_argsort], c=Y.values[Y_argsort], cmap="inferno", s=3, zorder=1)
                ax_s.axhline(0, c="lightgray", zorder=0)
                ax_s.axvline(0, c="lightgray", zorder=0)
                ax_s.tick_params(axis="both", direction="in")
                ax_s.set_xlabel(f"PC{i+1}")
                ax_s.set_ylabel(f"PC{j+1}")
                fig_s.tight_layout()
                fig_s.savefig(f"./images/PCA_normal_{i+1}_{j+1}");
                
                im = plt.imread(f"./images/PCA_normal_{i+1}_{j+1}.png")
                axes_all[j-1, i].imshow(im);
                
            axes_all[j-1, i].axis(False)
                
    for i in range(0, PCn):
        fig_all.align_ylabels(axes[:, i])

    if filename:
        fig_all.tight_layout()            
        fig_all.savefig(f"./images/PCA_normal_all_{filename}.png")
        
plot_PCn(X_pca, Y, PCn, filename="mm")

데이터 밀도가 높은 곳에 Y값이 큰 데이터가 놓여 있습니다.
패턴이 명확해서 살짝 들뜨면서도 이걸 어떻게 분류하나 싶어집니다.

3.5. 3D Plot

2차원 그림으로 두 변수 사이의 관계는 파악이 되지만, 여전히 저 그림들이 6D로 어떻게 맞물리는지는 머리가 좀 아픕니다.
제한적이나마 3D 그림을 그려봅니다.
PC1, PC2, PC3를 골라서 3D Plot을 그려보겠습니다.
근데 3D 그림엔 한 가지 고려할 사항이 있습니다.
자연스러우려면, 멀리 있는 데이터가 가까이 있는 데이터에 가려져야 합니다.
matplotlib은 시선의 방향을 파악하고 거기에 맞게 데이터를 정렬해 줍니다.
interactive toy model로 확인합시다.
jupyter notebook (lab)에 ipympl이 설치돼있다면 %matplotlib widget으로 interactive를 사용할 수 있습니다.

%matplotlib widget

X_tmp = np.array([[0.5, 0.5, -1], [0.5, -0.5, -1], [-0.5, 0.5, -1], [-0.5, -0.5, -1], [0.5, 0.5, 1], [0.5, -0.5, 1], [-0.5, 0.5, 1], [-0.5, -0.5, 1]])

elev = 30
azim = 40

fig = plt.figure(figsize=(5, 5))
ax = fig.add_subplot(111, projection='3d')
ax.scatter(X_tmp[:,0], X_tmp[:,1], X_tmp[:,2], ec="k", s=1500, alpha=1)
ax.view_init(elev=elev, azim=(azim-90))
ax.set_xlim(-2, 2)
ax.set_ylim(-2, 2)
ax.set_zlim(-2, 2)
ax.set_xlabel("X")
ax.set_ylabel("Y")
ax.set_zlabel("Z")

그런데 조금 억울합니다.
예전엔 시선에 자동으로 맞춰주는 기능이 없었거든요.
수동으로 데이터를 시선에 맞춰 정렬해줘야만 했습니다.
시선의 방향이 azimuthal angle, elevation(polar angle)으로 지정되어 있습니다.
내적을 통해 시선의 방향에 가까운 순으로 데이터를 정렬합니다.
확인을 위해 시선의 방향에 가까운 순으로 colormap을 입힙니다.

%matplotlib inline

def calc_view(elev, azim):
    return np.array([np.cos(np.deg2rad(azim-90))*np.cos(np.deg2rad(elev)), np.sin(np.deg2rad(azim-90))*np.cos(np.deg2rad(elev)), np.sin(np.deg2rad(elev))])

def sort_view(X, view):
    return np.dot(X, view)
    
elev = 30
azim = -40

fig = plt.figure(figsize=(8, 4))

for i in range(2):
    ax = fig.add_subplot(1, 2, i+1, projection="3d")
    
    if i == 0:  # not specified
        ax.scatter(X_tmp[:,0], X_tmp[:,1], X_tmp[:,2], 
                   ec="k", s=1500, alpha=1)
        ax.set_title("default")
        
    else:       # specified
        ax.scatter(X_tmp[:,0][viewsort], X_tmp[:,1][viewsort], X_tmp[:,2][viewsort], 
                   c=sort_view(X_tmp, view), cmap="inferno", 
                   ec="k", s=1500, alpha=1)
        ax.set_title("specified")
    
    ax.view_init(elev=elev, azim=(azim-90))
    ax.set_xlim(-2, 2)
    ax.set_ylim(-2, 2)
    ax.set_zlim(-2, 2)
    ax.set_xlabel("X")
    ax.set_ylabel("Y")
    ax.set_zlabel("Z")

fig.tight_layout()

본 목적으로 돌아옵니다.
PC1, PC2, PC3를 각기 x, y, z축으로 scatter plot을 그립니다.
Y 인자값을 색상으로 입히는데, 앞에 있는 데이터에 뒤의 데이터가 가립니다.
Y값이 큰 데이터의 위치를 파악하기 위해 $$Y > threshold$$를 적용하여 조금씩 그립니다.

fig = plt.figure(figsize=(20, 5))

for i, th in enumerate([0.8, 0.5, 0.3, 0.01], 1):
    # data with Y > threshold
    idx_3 = Y.loc[Y > th].index.values

    # viewpoint
    elev = 45
    azim = -45

    # sort data by viewpoint
    view = calc_view(elev, azim)
    idx_viewsort = np.argsort(sort_view(X_pca[idx_3,:3], view))
    Y_viewsort = Y.loc[idx_3].values[idx_viewsort]
    X_viewsort = X_pca[idx_3, :3][idx_viewsort]


    ax = fig.add_subplot(1, 4, i, projection='3d')
    ax.scatter(X_viewsort[:,0], X_viewsort[:,1], X_viewsort[:,2], c=Y_viewsort, cmap="inferno", s=20, vmin=0, vmax=1, alpha=1, lw=0.2, ec="k")
    ax.view_init(elev=elev, azim=(azim-90))
    ax.set_xlabel("PC1")
    ax.set_ylabel("PC2")
    ax.set_zlabel("PC3")
    title = f"{th}"
    if i == 1:
        title = "threshold = "+ title
    ax.set_title(title)

fig.tight_layout()

4. 결론

PCA 결과를 가능한 그림으로 표현했습니다.
X인자로 수행한 PCA의 데이터 분포를 파악하고, Y값과의 연관성을 파악했습니다.
데이터를 추가로 분석할 아이디어가 조금 생겼습니다.
좋은 결과로 이어지면 좋겠습니다.

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PythonData Science

1. 데이터

2. 전처리

2.1. outlier 제거

2.2. scaling

3. PCA

3.1. explained variance ratio

3.2. eigenvector

3.3. data distribution in PC space

3.4. Y 인자 overlap

3.5. 3D Plot

4. 결론