3. ImageJ Python 개발 환경

  • ImageJ Jython 개발 환경을 설정하겠습니다.
  • ImageJ에서는 통합개발환경(IDE)을 제공하지 않아 유사한 환경을 만들어줘야 합니다.

Reference

A Fiji Scripting Tutorial #2. Your first Fiji script

3.1. Image 불러오기

3.2. ImageJ 개발창 띄우기

  • 앞서 드린 설명을 따라 script 창을 띄웁니다.
  • New_.py라는 파일이 자동으로 생성되며, 저장되지 않았다는 뜻으로 *이 파일 이름 앞에 붙어있습니다.
  • 본인이 작업할 위치에 가서 파일명을 01_imgfile_01.py라고 저장합시다.

3.3. ImageJ 개발환경 설정하기

  • python등의 프로그래밍 언어는 굉장히 많은 명령어와 변수를 다루어야 하기 때문에 통합 개발 환경 (IDE: Integrated Development Environment)를 통한 명령어와 변수의 자동 완성 기능을 제공하고 있습니다.
  • 그러나 ImageJ에서 제공하는 개발환경은 이 점에서 매우 불편하기 때문에 다른 환경을 사용하고자 합니다.

3.3.1. Notepad++

  • Notepad++은 가벼우면서 강력한 범용 문서작업 SW입니다.
  • 컴퓨터에 부담을 최대한 주지 않는 개발환경 설정 방법입니다.

3.3.1.1. Notepad++ 설치

  • notepad++다운로드받아 설치합니다. 앞으로 개발은 여기에서 진행하겠습니다.
  • npp.버전.installer.exe를 실행 후 [다음]만 반복해서 설치하셔도 됩니다.
    ※ 주의 ※ 사용자 정의 설치를 하는 것은 좋으나 Auto-completion Files는 선택을 유지하고 있어야 합니다.


3.3.1.2. Notepad++ 코딩 테스트

  • 위에서 저장한 01_imgfile_01.pyNotepad++에서 엽니다.
  • 언어를 Python으로 설정해줍니다. 언어 > P > Python을 체크해주세요.


  • i만 입력해도 pull-down 메뉴가 뜨면서 python에서 사용하는 i로 시작하는 명령어 등이 펼쳐집니다.

  • 이들 중 하나를 골라서 입력하셔도 좋고, 이걸 보고 오타를 줄이셔도 좋습니다.


  • 간단하게 화면에 떠있는 이미지를 다른 이름으로 저장해보겠습니다.

  • 지난 시간에 배운 것처럼 이미지를 메모리에 불러옵니다.
  • ImageJBoats.gif와 script 입력창이 떠있을 겁니다.
    notepad++에 다음과 같이 코드를 작성하고 script창에 붙여넣습니다.

    1
    2
    3
    4
    5
    6
    7
    8
    from ij import IJ

    imp = IJ.getImage()
    print imp

    from ij.io import FileSaver
    fs = FileSaver(imp)
    fs.save()
  • [저장]을 눌러서 저장합시다.


3.3.2. Python 설치 (Option)

  • ImageJ는 자체적으로 Jython을 구동하기 때문에 추가적으로 Python이나 JAVA를 설치할 필요가 없습니다.
  • 그러나 Notepad++로 작성한 간단한 Python 코드를 실행하고자 하시거나, 이후 설명드릴 여러 강력한 IDE를 사용하고자 하신다면 Python을 설치할 필요가 있습니다.
  • Python공식 홈페이지에서 받는 것보다 환경설정이 용이한 anaconda를 받으시는 것을 권장합니다. 수많은 부가 모듈 없이는 기능이 매우 약한데, 의존성 관리 등이 의외로 만만치 않기 때문입니다.
  • 우리는 Python 실행파일만 필요하고, 필요시 환경을 관리해 줄 conda만 있으면 되니 용량이 작은 miniconda를 설치하겠습니다.

Reference

Anaconda


3.3.2.1. Miniconda 설치

  • Miniconda Download 에서 본인에게 맞는 버전을 고릅니다.
  • 저는 Python 3.7 Miniconda3 Windows 64-bit를 택했습니다.


  • 다운받은 설치파일을 실행하고 Next를 눌러가며 진행합니다.


  • ※ 주의 ※ 설치 경로가 기본적으로 C:\ProgramData\Miniconda3으로 되어 있는데, ProgramData 밖으로 빼줍니다.
    ProgramData가 숨김폴더라서 사용에 어려움을 겪을 수 있습니다.
    저는 C:\conda\로 지정했습니다.


  • Advanced Options에서는 둘 다 체크해줍니다.
    설치중인 Anaconda(Miniconda)를 기본 프로그램으로 하겠다는 설정으로 이해하시면 됩니다.

  • Install을 누르면 설치가 시작됩니다.


  • 명령 프롬프트를 실행해서 python을 입력했을 때 아래처럼 나오면 성공적으로 설치된 것입니다.


3.3.3. 기타 IDE 설치 (Option)

  • 효율적인 프로그래밍을 위해 좋은 환경이 많이 출시되어 있습니다.
    • if-then과 같은 block을 보기 좋게 표시해주고, 명령어 종류에 따라 color code를 입혀 가시성을 높여줍니다.
    • 명령어 자동 완성, 괄호 자동 닫기 기능, 실시간 도움말 기능 등으로 편리한 코딩 환경을 제공합니다.
  • Python용 IDE로 Anaconda에서 제공하는 Spyder를 비롯해 PyCharm, Eclipse, Visual Studio, Jupyter등이 있고, 특히 Eclipsejython개발 환경을 제공합니다.
  • 하지만 어차피 ImageJ script는 ImageJ 밖에서는 실행할 수 없기 때문에 기능적인 면보다 주관적인 편리함을 기준으로 선택하면 됩니다.

  • 저는 VScode를 사용하고 있습니다.
  • 색감과 기능이 좋고 실행이 무겁지 않아서 좋습니다.
  • 그러나 ImageJ관련 라이브러리는 인식하지 못해 빨간 밑줄이 그려지는 것은 피할 수 없습니다.
    그러려니 하면 됩니다.



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